Сюжет третьего фильма о Звёздных вратах повествует о путешествии во времени. В этом фильме встречается множество знакомых персонажей: Ниррти и других Системных владык, Ток'ра. Несколько сцен (с 23 по 29 марта 2007) снималось в Арктике при минусовой температуре на исследовательской полярной станции (APLIS) ВВС США, находящейся в 370 км к северу от залива Прудхоу-Бей, штат Аляска, США. В фильме также принимал участие военный корабль США SSN-757 «Александрия».

По сюжету, главным злодеем и противником SG-1 станет гоа'улд Ба'ал, которому удастся изменить временную линию так, что на Земле забудут о существовании Звёздных врат и окажутся беззащитными перед нашествием гоа'улдов.

Дата выпуска фильма на DVD в США — 29 июля 2008 года. Российское DVD-издание фильма было запланировано на август того же года.

Сюжет
SG-1 и генерал Джек О'Нилл посещают церемонию по извлечению симбионта гоа'улда из последнего клона Ба'ала на родной планете ток'ра. Ба'ал смеётся, утверждая что настоящий Ба'ал в этот самый момент воплощает в жизнь план возмездия. Оказывается, настоящий Ба'ал путешествовал на Землю в 1939 году и перебил экипаж сухогруза «Ахиллес», перевозящего звёздные врата из Египта в США. Капитану (дед Митчелла) перед смертью удаётся выбросить бомбу оставленную Ба'алом за борт прежде чем она могла бы уничтожить корабль. В настоящем времени, Вала и Тил'к расстаивают в воздухе на глазах у всех, а за ними следуют ток'ра и их здания. Митчеллу, Картер и Дэниелу едва удаётся добежать до звёздных врат и прыгнуть на Землю, но О'Нилла убивает Ба'ал-клон. Они появляются в трюме «Ахиллеса», которого течение принесло в Арктику — своими действиями, Ба'ал создал альтернативную реальность в которой Программа звёздных врат никогда не существовала. Едва сбежав из тонущего «Ахиллеса», команду спасает отряд под предводительством полковника Джека О'Нилла, хотя Дэниел отмораживает ногу, и её ампутируют. Несмотря на то что генерал Лэндри верит им, им запрещают менять прошлое. Всем троим предоставляют новые личности (Картер этого мира разбилась на шаттле, Митчелл никогда не существовал из-за гибели деда, а Дэниел всё ещё является мелким археологом) и запрещают встречаться друг с другом.

Проходит год, и SG-1 вызывают президент Гейс и генерал Хэммонд, когда в небе замечены ал'кеши. За 70 лет, Ба'алу, используя знания будущего, удаётся победить всех Системных владык (в одной сцене он лично казнит Апофиса) и собрать достаточно мощный флот чтобы захватить Землю. Кетеш (всё ещё в теле Валы) является королевой Ба'ала, а Тил'к — его первым помощником, которому Ба'ал пообещал свободу всех джаффа. Гейс и Хэммонд рассказывают SG-1 что были найдены врата в Антарктиде; также была послана команда бурильщиков для обнаружения заставы Древних. SG-1 отправляются на задание добыть МНТ для питания зондового оружия Древних. Тем временем, на орбиту Земли прибывает армада Ба'ала. К разочарованию своих помощников (Камул, Ниррти, Хронос, Юй и Ра), Ба'ал объявляет что не собирается уничтожать Тау'ри. Подозрительная Кетеш предаёт Ба'ала и заставляет его рассказать ей всю правду. Она приказывает уничтожить станцию Мак Мёрдо и заставу Древних, после чего она убивает Ба'ала после того как её предательство обнаруживает Тил'к. Тил'ку удаётся сбежать на невидимом ал'кеше, а Кетеш приказывает армаде начать орбитальную бомбардировку поверхности Земли, пока она сама направляется захватить машину времени Ба'ала.

Во время массированной атаки гоа'улдов, SG-1 перенаправляют в Россию, так как русским удалось выловить другие звёздные врата со дна океана. По пути, на истребители команды нападает эскадра Планеров смерти, но своевременное вмешательство звена российских МиГов спасает SG-1. Тил'к также прибывает в здание где хранятся врата, надеясь добраться до машины времени до Кетеш. SG-1 удаётся убедить Тил'ка временно сотрудничать и прыгнуть через врата к машине времени Ба'ала. Оказывается, Ба'ал разместил во многих звёздных системах спутники слежения в поисках солнечных вспышек, которое затем анализирует суперкомпьютер для расчёта прыжка во времени через врата. SG-1 необходимо ждать нужной солнечной вспышки чтобы попасть в прошлое, но начинают появляться войска Кетеш. Тил'к, Картер и Дэниел смертельно ранены в перестрелке. Лишь Митчеллу удаётся прыгнуть через врата в 1929 год. Тил'к, перед смертью, уничтожает машину времени и Кетеш гранатой. В прошлом, прождав 10 лет, Митчелл пробирается на борт «Ахиллеса» и, поджидая около звёздных врат в трюме корабля, убивает вышедшего из врат Ба'ала. В восстановленной реальности, SG-1, в неведении о прошедших событиях, наблюдают за процедурой извлечения симбионта без каких-либо инцидентов. Вернувшись на Землю, Дэниел рассуждает на тему последних слов Ба'ала-клона, но Митчелл рекомендует над этим не думать. Финальный кадр показывает фотографию деда Митчелла, в которой также виден альтернативный Митчелл.